امام راحل تاکید زیادی بر اسلامی شدن دانشگاه ها داشتند. امر اسلامی شدن را از دو جنبه می توان بررسی کرد یکی اسلامی شدن فرهنگ حاکم بر مجموعه دانشگاهیان و دوم اسلامی شدن علوم.
در مورد اول یعنی اسلامی شدن فرهنگ حاکم بر دانشگاهیان (یعنی اساتید، دانشجویان و کارکنان دانشگاه) ایشان به حق تاکید دارند که:
«دانشگاهها را در نظر بگیرید که اسلامی بشود و اگر دانشگاهها اسلامی بشود مسائل ما در آتیه هم حل است» (64/6/13) 
استقلال فرهنگی دانشگاهیان و پرهیز از روحیه پیروی، تقلید و گداصفتی از جمله تاکیدات مکرر ایشان می باشد جایی که می فرمایند
“مبادا اساتید و معلمینی که به وسیله ی معاشرت ها و مسافرت به جهان به اصطلاح متمدن، جوانان ما را که تازه از اسارت استعمار رهیده اند تحقیر و سرزنش نمایند و خدای ناکرده از پیشرفت و استعداد خارجی ها بت بتراشند و روحیه ی پیروی و تقلید و گداصفتی را در ضمیر جوانان تزریق نمایند و به جای این که گفته شود که دیگران کجا رفتند و ما کجا هستیم به هویت انسانی خود توجه کنند و روح توانایی و راه و رسم استقلال را زنده نگهدارند (67/4/29)
تاکید ایشان در مورد فرهنگ حاکم بر دانشگاه ها تا حدی است که در وصیت نامه الهی، سیاسی خود بعد از سطر ها سخن در خصوص دانشگاه ها و لزوم رسیدگی به فرهنگ حاکم در آن می فرمایند:
«و اما در دانشگاه نقشه آن است که جوانان را از فرهنگ و ادب و ارزشهای خودی منحرف کنند و به سوی شرق یا غرب بکشانند و دولتمردان را از بین اینان انتخاب و بر سرنوشت کشورها حکومت دهند تا به دست آنها هرچه می خواهند انجام دهند. اینان کشور را به غارتزدگی و غربزدگی بکشانند و قشرروحانی با انزوا و منفوریت و شکست قادر بر جلوگیری نباشد. و این بهترین راه است برای عقب نگهداشتن و غارت کردن کشورهای تحت سلطه ، زیرا برای ابرقدرتها بی زحمت و بی خرج و در جوامع ملی بی سر و صدا، هر چه هست به جیب آنان می ریزد.
پس اکنون که دانشگاهها و دانشسراها در دست اصلاح و پاکسازی است ، برهمه ما لازم است با متصدیان کمک کنیم و برای همیشه نگذاریم دانشگاهها به انحراف کشیده شود؛ و هر جا انحرافی به چشم خورد با اقدام سریع به رفع آن کوشیم . و این امر حیاتی باید در مرحله اول با دست پرتوان خود جوانان دانشگاهها و دانشسراها انجام گیرد که نجات دانشگاه از انحراف ، نجات کشور وملت است .
و اینجانب به همه نوجوانان و جوانان در مرحله اول ، و پدران و مادران ودوستان آنها در مرحله دوم ، و به دولتمردان و روشنفکران دلسوز برای کشور درمرحله بعد وصیت می کنم که در این امر مهم که کشورتان را از آسیب نگه می دارد، با جان و دل کوشش کنید و دانشگاهها را به نسل بعد بسپرید. و به همه نسلهای مسلسل توصیه می کنم که برای نجات خود و کشور عزیز و اسلام آدم ساز، دانشگاهها را از انحراف و غرب و شرق زدگی حفظ و پاسداری کنید و بااین عمل انسانی - اسلامی خود دست قدرتهای بزرگ را از کشور قطع و آنان راناامید نمایید. خدایتان پشتیبان و نگهدار باد. »
تاکید بر اجتناب از غرب و شرق زدگی که در راستای شعار اصیل انقلاب که همان نه شرقی، نه غربی است بار ها و بار ها در سخنان ایشان تکرار شده است در این تاکیدات که بخش دوم سخنان امام در خصوص اسلامی شدن دانشگاه ها را شامل می شود یک موضوع مورد سفارش است و آن اینکه نباید همه چیز را بصورت مستقیم وارد جامعه کرد و پیش از ترجمه نوشته های دانشمندان غرب و شرق باید ببینیم چقدر از آن با فرهنگ اصیل اسلامی، ایرانی ما سازگار است و چقدر سازگار نیست. به بیان ساده تر باید همه علوم وارداتی از فیلتری بگذرند و سپس به جامعه دانشگاهی وارد شوند
«آن معنایی که از علوم دانشگاهها ما میخواهیم و اسلام میخواهد این است که تمام علوم طبیعی و غیرطبیعی مهار شود به علوم الهی و برگشت به توحید کند. هر علمی که در آن جنبهی اولوهیت باشد یعنی انسان طبیعت را که میبیند خدا را در او ببیند، مسایل موجودات را که مشاهده میکند خدا را در او ببیند. او که اسلام برای او آمده است برای برگرداندن تمام موجودات طبیعی به الهیت و تمام علوم طبیعی به علوم الهی و از دانشگاهها هم این معنی مطلوب است علوم طبیعی همه باید باشد. معالجات بدنی باید باشد لکن آن مرکز ثقل است که مرکز توحید است. اسلام طبیعت را مهار میکند برای واقعیت و همه را به وحدت و توحید میبرد » (64/1/20)
ایشان بار ها تاکید دارند که جوانان و اساتید ایران اسلامی توان تولید علم را دارند و نیازی به تقلید کور کورانه از علم غرب وجود ندارد بلکه می توانیم با تکیه بر توان داخلی علم تولید کنیم در جایی تاکید می کنند
«مهمترین عامل در کسب خودکفایی و بازسازی توسعه مراکز علمی و تحقیقات و تمرکز و هدایت امکانات و تشویق کامل و همه جانبه مخترعین و مکتشفین و نیروهای متعهد و متخصصی است که شهامت مبارزه با جهل را دارند و از لاک نگرش انحصاری علم به شرق و غرب به در آمده و نشان دادند که میتوانند کشور را روی پای خودشان نگهدارند » (67/7/11)
اگر بخواهیم توصیه های ایشان را در مورد دانشگاه ها و فرهنگ حاکم بر آنها مورد بررسی قرار دهیم شاید بتوان آن را در این دو سرفصل خلاصه کرد
1) اسلامی شدن فضای حاکم بر دانشگاه ها
2) بومی سازی و اسلامی سازی علوم و دانش موجود در دانشگاهها پیش از ارائه آنها به دانشجویان.
به امید روزی که شاهد تحقق یافتن این دو توصیه ایشان در جامعه دانشگاهی خود باشیم
